南通市通州藥品監(jiān)督管理局于2001年10月19日正式掛牌成立，履行對(duì)全市藥品、醫(yī)療器械生產(chǎn)、研究、經(jīng)營(yíng)、使用全過(guò)程的行政監(jiān)督和技術(shù)監(jiān)督職能。2005年6月26日，在原南通市通州藥品監(jiān)督管理局的基礎(chǔ)上，組建南通市通州食品藥品監(jiān)督管理局，增加了對(duì)食品安全的綜合監(jiān)督、組織協(xié)調(diào)和依法組織開(kāi)展對(duì)重大事故查處的職能。
      2010年3月18日，根據(jù)《中共南通市通州區(qū)委、南通市通州區(qū)人民政府關(guān)于區(qū)政府機(jī)構(gòu)改革的實(shí)施意見(jiàn)》（通發(fā)［2010］15號(hào)），南通市通州食品藥品監(jiān)督管理局由省以下垂直管理改為區(qū)政府工作部門，并更名為南通市通州區(qū)食品藥品監(jiān)督管理局。按照區(qū)政府印發(fā)的《關(guān)于南通市通州區(qū)食品藥品監(jiān)督管理局主要職責(zé)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)和人員編制規(guī)定的通知》（通政辦發(fā)［2010］154號(hào)），區(qū)衛(wèi)生局保健食品、化妝品衛(wèi)生監(jiān)督管理的職責(zé)劃入?yún)^(qū)食品藥品監(jiān)督管理局，區(qū)食品藥品監(jiān)督管理局綜合監(jiān)督、組織協(xié)調(diào)食品安全，依法組織查處食品安全重大事故的職責(zé)劃給區(qū)衛(wèi)生局。
      根據(jù)上述職責(zé)，內(nèi)設(shè)辦公室、政策法規(guī)科、藥品醫(yī)療器械監(jiān)管科、稽查科、保健食品化妝品監(jiān)管科。
      現(xiàn)在編人員31人（機(jī)關(guān)24人，事業(yè)7人），醫(yī)藥食品專業(yè)人員26名，占83．9％；本科以上學(xué)歷人員27人。建局十余年來(lái)，通州區(qū)食品藥品監(jiān)督管理局圍繞服務(wù)通州經(jīng)濟(jì)建設(shè)和社會(huì)發(fā)展大局，認(rèn)真履行法定職能，強(qiáng)化自身建設(shè)，為保障人民群眾用藥安全發(fā)揮了積極作用：連續(xù)四輪建成江蘇省和南通市文明行業(yè)；先后榮獲全省食品藥品監(jiān)督管理系統(tǒng)“團(tuán)結(jié)、開(kāi)拓、廉潔、高效”好班子、全省食品安全“三網(wǎng)”建設(shè)先進(jìn)單位；南通市第三批創(chuàng)建文明行業(yè)示范點(diǎn)；南通市首批廉政文化示范點(diǎn)；南通食品藥品監(jiān)督管理系統(tǒng)食品藥品監(jiān)督管理先進(jìn)集體、創(chuàng)建文明行業(yè)先進(jìn)單位；通州市文明單位，紀(jì)檢監(jiān)察工作、食品藥品安全、藥品打假工作先進(jìn)集體，和諧法治創(chuàng)建工作示范單位、依法行政先進(jìn)單位等。